Въ 1621 году, построенъ былъ новый острогъ на мѣстѣ деревни Качковки, между Курцевскимъ и Глинскимъ посадами. Туда, въ 1637 году, въ новый домъ переселился изъ нижняго посада и воевода.
Въ 1656 году, на мѣстѣ этого острога построенъ былъ руками и деньгами Двинянъ деревянный городъ. Стѣна городская была двойная. Пустота между двухъ рядовъ бревенъ была засыпана землею: это было крѣпче острожной стѣны, которую составлялъ простой полисадъ. Въ деревянномъ городѣ, въ 1674 году, были построены отъ казны каменная палата для засѣданія воеводы съ дьякомъ, во время суда и расправы, и деревянныя горницы для жительства воеводы. Приказная палата была первымъ каменнымъ строеніемъ въ Холмогорахъ. Въ 1692 году, предъ пріѣздомъ Царя Петра Алексѣевича, деревянный городъ, получившій названіе Колмогорскаго города, былъ разобранъ и перестроенъ. Онъ былъ укрѣпленъ 12-ю башнями, имѣлъ четверо воротъ; глубокій ровъ окружалъ весь городъ. Остатки его замѣтны до сихъ поръ.
Стрѣльцы въ Холмогорахъ появились, по всей вѣроятности, съ 1621 года, при построеніи новаго острога на мѣстѣ Качковки. Гарнизонъ стрѣлецкій въ Холмогорскомъ острогѣ уже въ этомъ году былъ гораздо больше двухсотеннаго Архангельскаго, потому что въ 1629 году, разсылалъ отдѣльные отряды и держалъ
