Вслѣдствіе ветхости деревянной Успенской церкви на Старомъ кладбищѣ, у причта Петропавловскаго собора, къ которому была приписана эта церковь, возникла мысль о сооруженіи на мѣстѣ ея новаго каменнаго храма. Закладка церкви происходила 25 іюня 1900 г., а освященіе — 21 ноября 1905 г. Пока возводились стѣны каменнаго храма, въ деревянной происходило богослуженіе и уже предъ тѣмъ, какъ нужно было устраивать своды, она была разобрана.
Во время кратковременнаго (1902—1905 г.) управленія Пермскою епархіею преосвященнаго Іоанна въ Перми начинаютъ перестраиваться и вновь строится одновременно нѣсколько церквей. Такъ, тогда были построены церкви Златоустовская и Вознесенская. Первая (деревянная) во имя св. Іоанна Златоуста устроена на подворьѣ Бѣлогорскаго мужского монастыря на Петропавловской улицѣ и торжественно освящена 14 декабря 1903 г. преосвященными Іоанномъ Пермскимъ и Павломъ Кунгурскимъ (къ постройкѣ ея приступлено 21 мая 1903 г.). Мысль о сооруженіи второй принадлежитъ г. Балахонову. Уже давно чувствовалась потребность въ сооруженіи храма «на болотѣ», такъ какъ это мѣсто удалено отъ всѣхъ городскихъ церквей на значительное разстояніе. Мѣсто для церкви уступлено было купцомъ А. П. Бабаловымъ. Самая же церковь строилась постепенно, по мѣрѣ поступленія средствъ и матеріаловъ для постройки, чѣмъ и объясняется довольно продолжительная (7 лѣтъ) постройка церкви. Сооружена она на средства разныхъ лицъ, сдѣлавшихъ пожертвованія деньгами или матеріалами. Закладка ея происходила 14 мая 1903 г., а нижній пещерный храмъ во имя св. Серафима Саровскаго освященъ уже въ слѣдующемъ 1904 г. 18 іюля. Далѣе постройка замедляется, вслѣдствіе недостатка средствъ и окончена только въ 1910 г., когда 12 декабря освящена главная верхняя церковь этого храма преосвященнымъ Палладіемъ епископомъ Пермскимъ и Соликамскимъ. При преосвященномъ же Іоаннѣ 5 октября 1903 г. освящена вновь устроенная церковь въ честь Успенія Божіей Матери при усыпальницѣ Александровской больницы, тогда же перестроенъ внутри Петропавловскій соборъ путемъ превращенія узкаго корридора, соединявшаго теплый храмъ съ холоднымъ, въ громадную арку,