образованіе онъ получилъ въ Пермской духовной семинаріи (1838—1844 г.г.), по окончаніи которой въ томъ же году былъ посвященъ въ священники села Тохтаревскаго, Красноуфимскаго уѣзда, откуда черезъ 5 недѣль былъ переведенъ въ Спасо-Преображенскую церковь г. Кунгура, гдѣ и священствовалъ 9 лѣтъ. 1 мая 1853 г. о. Е. А. Поповъ былъ переведенъ въ Пермскій Петропавловскій соборъ, а 29 января 1854 года въ Пермскую Рождество-Богородицкую церковь. Въ 1862 году онъ назначенъ благочиннымъ 2 округа Оханскаго уѣзда съ мѣстопребываніемъ въ Нытвѣ, а въ 1865 г. переведенъ снова въ Пермскую Ново-Кладбищенскую, а въ 1871 г. — въ Воскресенскую церковь, гдѣ и служилъ до 1887 года, когда былъ назначенъ священникомъ церкви при Пермской пересыльной тюрьмѣ. Скончался о. Евгеній 17 мая 1888 г. Въ послѣдніе годы жизни ему много пришлось перенести незаслуженныхъ огорченій.
Литературная дѣятельность о. Е А. Попова началась съ 1852 г. Выдающимися работами его являются «Великопермская и Пермская епархія» (историческій очеркъ Пермской епархіи), «Письма по православно-догматическому богословію», «Православно-нравственное богословіе» 4 книги 1876 г., «Православно-пастырское богословіе» 4 части 1877 г., «Домашнія наставленія пастыря» 3 т. 1863 г., «Земная жизнь Іисуса Христа» 2 части 1878 г., «Бесѣды о разныхъ предметахъ вѣры и нравственности христіанской» 1852 г. Кромѣ того, имъ издано много брошюръ и листковъ религіозно-нравственнаго содержанія. Такъ, брошюра «Къ давно неговѣвшимъ» выдержала 7 изданій и разошлась въ количествѣ 86.000 экземпляровъ. За эту выдающуюся литературную дѣятельность Петербургская духовная академія избрала его своимъ почетнымъ членомъ. Эта безпримѣрная награда для приходскаго священника съ семинарскимъ образованіемъ произвела въ свое время большую сенсацію въ средѣ столичнаго духовенства. Кромѣ того, по иниціативѣ и заботами о. Е. А. Попова въ Перми выстроена каменная часовня св. Стефана съ заломъ для внѣбогослужебныхъ собесѣдованій и основанъ комитетъ по разбору и призрѣнію нищихъ.