Исидор, митрополит новгородский, умер 10 апреля 1619 г. Постриженик Соловецкого монастыря, он в 1597 г. сделан был в нем же игуменом, а в 1604 году поставлен на новгородскую митрополию. В 1605 г., по смерти царя Бориса, он отправлен был вместе с Басмановым к царскому войску, принимать от него присягу на верность Феодору Борисовичу; но едва успел митрополит вернуться в Москву, исполнив возложенное на него поручение, как в столицу пришло известие об измене всего войска. В 1606 году, 1 июня, он венчал на царство Василия Ивановича Шуйского. В 1608 г., князь Михаил Васильевич Скопин-Шуйский был в новгородской области и вел переговоры со шведами, желая получить от них помощь людьми; в то время, как отовсюду приходили к нему вести, что число противников царя Василия все увеличивается, посольство от Новгорода, отправленное при ближайшем участии митрополита Исидора, призвало его в этот город, обнадеживая в верности царю. В 1611 году, во время междуцарствия, Делагарди, долго стоявший под Новгородом, 16 июля сделал приступ и ворвался в город; новгородцы на улицах и в домах ожесточенно сопротивлялись шведам; во время сечи митрополит Исидор служил молебен на стене кремля и издали благословлял протопопа Аммоса, который был у него под духовным запрещением, но которого он теперь простил за отважную оборону против шведов. Когда город был взят, митрополит Исидор и тогдашний воевода новгородский, князь Иван Никитич Одоевский, заключили с Делагарди договор, по которому признали новгородским государем королевича шведского Филиппа и обещали привести и все московское государство к согласию на этот выбор; 25 декабря 1611 г. отправлено было к шведскому королю Карлу IX извещение об этом. От имени всяких чинов новгородских людей, с митрополитом Исидором во главе, и велись все переговоры, как с королевичем Филиппом и шведскими уполномоченными, так и с князем Пожарским, который еще в июне 1613 года отвечал на грамоту Исидора и всего Новгорода, извещавшую, что Новгород имеет царем королевича шведского. Королевич Филипп, как известно, в Новгород не приезжал, узнав, что остальные части России признали царем Михаила Феодоровича, но шведский военачальник в Новгороде, Горн, тем не менее требовал от Новгородцев верности шведскому принцу; и хотя было уже очевидно, что новгородцы желают соединиться с остальною Россиею и признать царем Михаила Феодоровича Романова, шведы удерживали Новгород и только по Столбовскому миру 1617 г. Новгород был возвращен России. Извещая об этом митрополита Исидора и всех новгородцев особою грамотою, царь Михаил Феодорович благодарил их за верность своему отечеству и вполне извинял им их временное отступничество, признавая, что для них было невозможно противиться шведским силам. Митрополит Исидор, утомленный всеми этими беспокойствами, стал проситься на покой в Соловецкий монастырь; но прежде чем это было ему разрешено, он уже скончался. Погребен в Софийском соборе в Новгороде.
«Акты Ист.», III, № 284; «Доп. к Акт. Ист.», I, №№ 162, 164, 166; II, №№ 3, 5, 11, 43; «Новый летописец»; Карамзин, т. XI и XII; Соловьев, т. VIII, гл. 8, т. IX, гл. 1; Досифей, «Опис. Солов. монастыря», 93—94.