Содержаніе мунгало-церковной школы стоило святителю немалыхъ заботъ и огорченій. По указу синода на школу должны были доставлять хлѣбъ и одежду монастыри Киренскій, Посольскій и Селенгинскій. Но тобольскій митрополитъ Антоній, даже вопреки прежнему распоряженію, запретилъ киренскому настоятелю доставлять хлѣбъ на содержаніе иркутской школы и велѣлъ Киренскому монастырю быть въ вѣдѣніи тобольской митрополіи. Св. Иннокентій предписывалъ Нерчинскому монастырю доставлять хлѣбъ на содержаніе 7 учениковъ изъ числа 35 но обитель сгорѣла. Оставалось святителю содержать мунгало-церковную школу изъ доходовъ Вознесенскаго монастыря, который питалъ и его самаго.
По странному недосмотру при опредѣленіи св. Иннокентія на иркутскую епархію не сдѣлано было распоряженія о жалованьѣ. Границы иркутской епархіи также не опредѣлены были синодомъ; а тобольскій митрополитъ, по видамъ экономіи своего дома, хотѣлъ удерживать даже нѣкоторые округи, бывшіе въ вѣдѣніи викарія епископа иркутскаго. Это было сильнымъ отягощеніемъ и для церквей, отдаленныхъ отъ Тобольска на 1000 и 2000 верстъ. Св. Иннокентій представилъ синоду о нуждѣ въ жалованьѣ и о границахъ иркутской епархіи, требуемыхъ самою мѣстностію. Донесенія о томъ и другомъ посланы были въ 1728 г. съ довѣренными лицами, по указу синода. Св. синодъ постановилъ опредѣленіе свое авг. 29 1729 г. какъ о назначеніи жалованья и о суммѣ на построеніе архіерейскаго дома, такъ о предѣлахъ епархіи, въ которую включены были согласно съ ходатайствомъ свят. Иннокентія, не только селенгинскій округъ, но и
