Оговорка относительно первого тома труда Толстого была вызвана тем, что С. Д. Николаев начал свою работу проверки вариантов евангельских текстов тогда, когда первый том в издании «Посредника» был уже отпечатан. Всего С. Д. Николаевым было отмечено в первом томе пятнадцать неточностей в ссылках на варианты и сделан ряд уточнений в переводах. Судя по этой цифре, количество исправлений в двух других томах было еще более значительным. Таким образом, было выполнено настойчивое желание Толстого, неоднократно им выражавшееся, — проверки ссылок на древние греческие списки Евангелий.
25 июня 1908 г. типографией Кушнерева были представлены в Московский комитет по делам печати экземпляры отпечатанных второго и третьего томов «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Комитет сейчас же наложил арест на книгу, так что издательством была получена только некоторая часть из общего количества пяти тысяч экземпляров. 3 июля Комитет направил заявление — теперь уже прокурору Московской судебной палаты — о том, что он просит «возбудить против автора названной книги графа Л Н. Толстого, а также против представителя книгоиздательства «Посредник» судебное преследование по статьям 73 и 129 (возбуждение к ниспровержению существующего строя) Уголовного уложения. Путем приведения ряда цитат Комитет доказывал, что «книга является таким же, как и первый том, дерзостно-кощунственным произведением печати, направленным к разрушению в народе веры христианской и главным образом православной и к уничтожению в нашем отечестве и в других христианских государствах всякого общественного и государственного строя». Толстой, «задавшись преступной мыслью поколебать все устои, на которых зиждется государственный и общественный строй, и главным образом веру христианскую», «искажает, под предлогом научного исследования, текст и смысл св. Евангелия четырех евангелистов, толкуя их так, чтобы толкование подтверждало его буйственные затеи».
В то время (летние месяцы 1908 г.) приближался 80-летний юбилей Толстого, о котором много писала прогрессивная печать. Это несомненно оказало влияние на позицию, занятую в данном деле Московской судебной палатой. Товарищ прокурора Московской судебной палаты в заключении своем от 11 августа 1908 г. находил, что содержание книги не дает оснований для привлечения автора и издателя по 129 статье; что же касается обвинения по статье 73, то привлечение к ответственности по этой статье должно исходить от прокурора Московского окружного суда, которому и должно направить переписку по этому делу. Московская судебная палата в заседании от 18 октября 1908 г. утвердила мнение прокурора.
Постановление судебной палаты не затрагивало, однако, судьбу книги, изданной «Посредником». Эта судьба была решена постановлением Московского окружного суда от 8 декабря 1910 г. Суд постановил: уголовное преследование против редактора «Посредника» И. И. Горбунова-Посадова по 73 и 90 статьям Уголовного уложения (статья 90 говорила о привлечении к ответственности за совращение православных в секту) прекратить, а изданную им книгу уничтожить. Тот ореол, которым в первые месяцы после смерти Толстого было окружено его имя в русском
