Анзерскомъ скиту приказано было быть священноиноку, въ зависимости отъ настоятеля Соловецкаго монастыря. Но въ 1633 году Анзерскій скитъ, по царскому указу, былъ отписанъ отъ завѣдыванія настоятелей соловецкихъ и сдѣланъ самостоятельнымъ.
Въ 1638 году, по особому прошенію Елеазара, было отдано повелѣніе вмѣсто деревянной церкви выстроить каменную, болѣе помѣстительную, съ трапезою во имя Знаменія Пресвятой Богородицы. Строеніе этого храма, по различнымъ обстоятельствамъ, затруднялось и даже пріостанавливалось, такъ что окончено было только уже послѣ смерти преподобнаго Елеазара. Въ этой церкви сооружены были три престола: 1) во имя Святыя Живоначальныя Троицы, 2) Михаила Малеина и 3) въ честь Знаменія Пресвятыя Богородицы.
Въ дальнѣйшей исторіи Анзерскаго скита обращаетъ на себя вниманіе фактъ его полнаго разгрома, произведеннаго въ связи съ возникшей въ Соловецкомъ монастырѣ смутой по поводу исправленія богослужебныхъ книгъ при патріархѣ Никонѣ. Объ этомъ есть интересная замѣтка подъ 1710 годомъ во вкладной книгѣ Анзерскаго скита: «Егда у противныхъ въ Соловецкомъ островѣ учинися въ вѣрѣ смущеніе и устроися отъ нихъ монастырю запорное укрѣпленіе, въ то же время бысть и Анзерскому скиту отъ начальствующихъ тогда веліе разореніе, и конечное сотворися ему запустѣніе. Живущіе же ту пустынники до единаго, со отока разогнаны, бѣжали и храмы Божіи обраны, токмо стѣны едины въ нихъ осташа, и всѣмъ церковнымъ утварямъ и записнымъ книгамъ, отъ всякихъ людей врозь разнесеннымъ сущимъ и растеряннымъ бывшимъ, и по многому времени едва возмогоша изъ Соловецкаго монастыря отъ церковныхъ вещей и письменныхъ крѣпостей нѣсколько возвратити».
Впрочемъ, нужно замѣтить, что этотъ разгромъ Анзерскаго скита произошелъ уже послѣ усмиренія соловецкаго бунта. Причиною его, вѣроятно, былъ доносъ бѣжавшаго изъ Соловецкаго монастыря во время осады монаха Митрофана, который показалъ на слѣдствіи, что будто бы вино и рыбу для Соловецкаго монастыря, во время его осады, доставлялъ Анзерскій скитъ. Поэтому въ 1667 году, по указу патріарха Іоасафа, отобраны были въ Анзерскомъ скиту всѣ иконы, церковные сосуды, книги, ризы, жалованныя грамоты и даже деньги въ количествѣ 494 руб. Но вскорѣ царь Ѳеодоръ Алексѣевичъ приказалъ все отобранное возвратить обратно по принадлежности.
До этого времени Анзерскій скитъ былъ независимъ отъ Соловецкаго монастыря. Независимость эта не разъ была подтверждаема царскими грамотами. Но въ 1682 году, когда была вновь учреждена холмогорская епархія, по указу Аѳанасія Холмогорскаго, перваго епископа
Анзерском скиту приказано было быть священноиноку, в зависимости от настоятеля Соловецкого монастыря. Но в 1633 году Анзерский скит, по царскому указу, был отписан от заведывания настоятелей соловецких и сделан самостоятельным.
В 1638 году, по особому прошению Елеазара, было отдано повеление вместо деревянной церкви выстроить каменную, более поместительную, с трапезою во имя Знамения Пресвятой Богородицы. Строение этого храма, по различным обстоятельствам, затруднялось и даже приостанавливалось, так что окончено было только уже после смерти преподобного Елеазара. В этой церкви сооружены были три престола: 1) во имя Святые Живоначальные Троицы, 2) Михаила Малеина и 3) в честь Знамения Пресвятые Богородицы.
В дальнейшей истории Анзерского скита обращает на себя внимание факт его полного разгрома, произведенного в связи с возникшей в Соловецком монастыре смутой по поводу исправления богослужебных книг при патриархе Никоне. Об этом есть интересная заметка под 1710 годом во вкладной книге Анзерского скита: «Егда у противных в Соловецком острове учинися в вере смущение и устроися от них монастырю запорное укрепление, в то же время бысть и Анзерскому скиту от начальствующих тогда велие разорение, и конечное сотворися ему запустение. Живущие же ту пустынники до единого, со отока разогнаны, бежали и храмы Божии обраны, токмо стены едины в них осташа, и всем церковным утварям и записным книгам, от всяких людей врозь разнесенным сущим и растерянным бывшим, и по многому времени едва возмогоша из Соловецкого монастыря от церковных вещей и письменных крепостей несколько возвратити».
Впрочем, нужно заметить, что этот разгром Анзерского скита произошел уже после усмирения соловецкого бунта. Причиною его, вероятно, был донос бежавшего из Соловецкого монастыря во время осады монаха Митрофана, который показал на следствии, что будто бы вино и рыбу для Соловецкого монастыря, во время его осады, доставлял Анзерский скит. Поэтому в 1667 году, по указу патриарха Иоасафа, отобраны были в Анзерском скиту все иконы, церковные сосуды, книги, ризы, жалованные грамоты и даже деньги в количестве 494 руб. Но вскоре царь Феодор Алексеевич приказал всё отобранное возвратить обратно по принадлежности.
До этого времени Анзерский скит был независим от Соловецкого монастыря. Независимость эта не раз была подтверждаема царскими грамотами. Но в 1682 году, когда была вновь учреждена холмогорская епархия, по указу Афанасия Холмогорского, первого епископа
