Царствованiе Стефана Баторія прошло для Вильно почти безслѣдно. Король рѣдко бывалъ здѣсь. Выдающимся событіемъ была казнь одного изъ знаменитѣйшихъ литовскихъ вельможъ Григорія Остика, послѣдовавшая въ Вильнѣ 18 іюня 1580 года, за тайныя сношенія съ Иваномъ IV.
Упадокъ города начинается собственно со временъ Сигизмунда III, со временъ господства іезуитовъ. Борьба съ иновѣрцами, борьба православныхъ съ уніатами, безчинства разнаго рода въ средѣ молодаго воспитывающагося поколѣнія, нападенія
.jpg)
на кальвинскіе храмы и ихъ поруганія, выбрасываніе покойниковъ изъ гробовъ, публично, во время похороннаго шествія, сожиганіе на лобномъ мѣстѣ кальвинской библіи (брестской) и другихъ иновѣрческихъ книгъ, такое же сожиганіе книгъ Скарги православными, преслѣдованія и изгнанія братчиковъ, нападеніе на монастырь Св. Троицы, захваты церквей, покушеніе на убійство митрополита Ипатія Поцѣя, взаимная религіозная ненависть, раздраженіе, общее уныніе, прибавимъ къ этому пожары, голодъ, страшную нищету—вотъ какія проявленія общественной жизни, доставшіяся въ удѣлъ литовской столицѣ въ царствованіе фанатическаго Сигизмунда III. Взаимная любовь и братство, господствовавшія во время вѣротерпимаго Сигизмунда Августа, смѣнилпсь злобою и враждою; тогдашнее богатство, процвѣтаніе торговли и промышленности замѣнили нищета и совершенный упадокъ всякой полезной дѣятельности.
Начавшееся при Сигизмундѣ III паденіе города продолжается и далѣе, и Вильно никогда уже но достигало прежняго величія и значенія.
Въ 1609 г., 11 августа, по повелѣнію Сигизмунда III, королевскіе комиссары Сѣнковскій и Краевскій передали въ распоряженіе митрополита Поцѣя 12 православныхъ церквей и между ними соборную Пречистыя Богородицы и обѣ церкви св. Николая. Св. Троицкая церковь и монастырь переданы были уніатамъ еще раньше.
