Вскорѣ послѣ кончины его начали истекать благодатныя исцѣленія отъ его гроба. Ростовскій митрополитъ Кириллъ, будучи въ преклонныхъ лѣтахъ, долго оставался безъ употребленія ногъ и рукъ; услышавъ о чудесахъ блаженнаго, онъ велѣлъ нести себя къ его могилѣ и здѣсь послѣ молитвы получилъ исцѣленіе. Это было за полтора года до его смерти и слѣд. въ 1618 г.
Память блажен. Іоанна мѣстно чтится въ день кончины его и 12 ноября[1].
Уже Медвѣдевъ въ свое время писалъ: «имать церковь Христова малороссійская въ Брести, литовскомъ градѣ, прежде лѣтъ 40 вѣры ради страдавшаго іеромонаха Аѳанасія, котораго и доселѣ нетлѣнны мощи пребываютъ[2]. Георгій Конисскій въ свое время радостно говорилъ въ слухъ православныхъ и неправославныхъ: «къ числу нетлѣнно почивающихъ святыхъ надобно отнесть преподобномученика нашей церкви Аѳанасія Филиповича, убіеннаго римскими католиками за вѣру въ нашемъ православномъ загородномъ брестскомъ монастырѣ, уже болѣе полтораста лѣтъ Божіею силою цѣло и невредимо почивающаго»[3].
